Un couple de loutres thaïlandaises aurait-il pu aider la population de loutres du Royaume-Uni à se reconstituer ? Notre étude fournit un indice
Les populations de loutres ont chuté en Grande-Bretagne dans les années 1960 en raison des effets mortels de la pollution chimique des rivières et des lacs – du moins c’est ce que nous pensions. Nos recherches ont examiné de plus près ce qui est arrivé aux loutres en Grande-Bretagne au cours des 800 dernières années et ont révélé une situation plus complexe.
Étant donné que les loutres eurasiennes (Lutra lutra) se trouvent au sommet de la chaîne alimentaire aquatique en Grande-Bretagne, toute contamination consommée par leurs proies, et par les proies de leurs proies, s'accumule dans les loutres. Les loutres sont donc particulièrement sensibles aux produits chimiques toxiques présents dans leur environnement.
Après l'interdiction de nombreux polluants chimiques, les populations de loutres ont commencé à se reconstituer et nous en avons maintenant dans tous les comtés de Grande-Bretagne. Des enquêtes nationales sur les loutres ont été menées au Pays de Galles, en Écosse et en Angleterre depuis 1977 et ont permis de suivre le rétablissement de la population.
Cependant, nous n'avions pas une idée précise de la taille des populations au cours des décennies précédentes. Nous ne disposions que de preuves anecdotiques montrant que la chasse à la loutre devenait de moins en moins « fructueuse » au fil du temps et que les observations et les signes de présence de loutres étaient plus rares.
Déclin de la population de loutres
Nos recherches montrent qu'entre 1950 et 1970, la population a connu un déclin extrême dans l'est de l'Angleterre et un fort déclin dans le sud-ouest de l'Angleterre. Ces phénomènes ont probablement été causés par la pollution chimique.
En Écosse, les populations de loutres ont connu un déclin à long terme, mais moins marqué, ce qui suggère une pollution chimique moindre. Le déclin de la population au Pays de Galles a commencé vers 1800, probablement en raison de la chasse à la loutre et des changements dans la façon dont les gens ont façonné et utilisé le paysage.
Bien que toutes deux s'intéressent à l'ADN, la génétique se concentre sur les gènes individuels et leurs rôles, tandis que la génomique examine l'ensemble de l'ADN d'un organisme. Bien que des études génétiques sur les loutres aient été menées en Grande-Bretagne, notre recherche a été la première dans le monde à utiliser la génomique pour étudier les loutres eurasiennes.
En collaboration avec des scientifiques du Smithsonian Conservation Biology Institute et du projet Darwin Tree of Life du Wellcome Sanger, nous avons étudié l'intégralité du génome de la loutre. Le passage de la génétique à la génomique a révélé quelques surprises.
Tout d'abord, une séquence d'ADN mitochondrial a été découverte dans l'est de l'Angleterre, qui était très différente de celles trouvées dans le reste de la Grande-Bretagne. L'ADN mitochondrial est une séquence d'ADN présente dans les mitochondries d'une cellule, qui sont à l'origine de la production d'énergie. L'ADN mitochondrial est hérité uniquement de la mère, tandis que le reste de l'ADN est un mélange de l'ADN de la mère et de l'ADN du père.
Une autre étude récente menée par notre groupe de recherche, en collaboration avec des collègues de Corée du Sud, a suggéré une divergence entre ces deux lignées il y a au moins 80 000 ans. La découverte de cette lignée mitochondriale (qui, selon nos données, est par ailleurs limitée à l'Asie) au Royaume-Uni a été surprenante.
Deuxièmement, nous avons constaté une grande diversité génétique dans l’est de l’Angleterre. Normalement, après un déclin démographique extrême comme celui que nous avons identifié dans cette région, la diversité génétique diminue. Pourtant, nous avons observé une diversité bien plus grande ici que dans la population d’Écosse, où il n’y avait aucune preuve claire d’un tel déclin.
Loutres thaïlandaises
Grâce à un peu de recherche, nous avons découvert qu'un couple de loutres eurasiennes (la même espèce que celle que nous avons au Royaume-Uni) a été amené en Grande-Bretagne depuis la Thaïlande dans les années 1960. Les populations de loutres eurasiennes sont réparties dans toute l'Europe et l'Asie. Bien qu'elles appartiennent à la même espèce, il existe plusieurs sous-espèces génétiquement distinctes, notamment en Asie.
Il semble possible que ces loutres génétiquement différentes de Thaïlande se soient croisées avec des loutres de l'est de l'Angleterre. À l'époque du déclin de la population, lorsque les populations indigènes du Royaume-Uni étaient à leur plus petite taille, même quelques individus introduits dans la population auraient pu faire une grande différence. Et ils ont laissé des traces inattendues sur le génome.
Nous ne savons pas avec certitude si c'est ce qui s'est passé et nous devons faire plus de recherches pour découvrir quel effet cela a pu avoir sur les loutres de l'est de l'Angleterre. Une grande diversité génétique est généralement bénéfique pour une population ou une espèce. Mais d'un autre côté, la conservation s'efforce souvent de maintenir les différences génétiques entre les populations, plutôt que de mélanger des populations distinctes.
Pour en savoir plus, il serait judicieux de comparer le génome d'une loutre eurasienne de Thaïlande à celui des loutres que l'on rencontre dans l'est de l'Angleterre. Malheureusement, ce n'est pas si simple. Depuis les années 1960, les loutres de Thaïlande et d'Asie sont devenues de plus en plus rares. Cela est dû à la perte d'habitat, à la pollution et au commerce illégal de loutres. Il est donc très difficile d'obtenir des échantillons pour le séquençage du génome. Cela souligne l'importance de la conservation de l'espèce en Asie, malgré le rétablissement de la population en Europe.
Nos travaux démontrent l’intérêt d’utiliser des outils génomiques modernes pour étudier la diversité génétique d’une espèce menacée. L’application de tels outils peut révéler des faits surprenants, même chez des espèces supposées bien étudiées.
Frank Hailer, maître de conférences en biologie évolutive, Université de Cardiff; Elizabeth Chadwick, maître de conférences à l'École des biosciences, Université de Cardiffet Sarah du Plessis, candidate au doctorat, Université de Cardiff
