Des excréments aux données : l'ADN des excréments de koudou offre un nouvel espoir pour la conservation de la faune
BLOEMFONTEIN, le 23 juillet 2026 : Comment compter la faune sans jamais la voir ?
Savoir combien d’animaux vivent dans une réserve animalière est l’un des fondements d’une conservation efficace. Pourtant, compter avec précision les espèces qui passent la majeure partie de leur vie cachées dans une végétation dense – ou qui n’émergent qu’à la tombée de la nuit – constitue depuis longtemps un défi pour les chercheurs sur la faune sauvage.
Des chercheurs de l’Université de l’État libre (UFS) pensent avoir démontré une nouvelle solution prometteuse : une solution qui commence par quelque chose que chaque animal laisse derrière lui.
Dans ce qui est considéré comme la première étude sud-africaine de ce type, des chercheurs ont réussi à estimer la taille d'une plus grande population de koudous en utilisant l'ADN extrait d'échantillons d'excréments. L'étude de validation de principe, dirigée par le doctorant Ruan Jacobs du Département de génétique, montre que les populations d'animaux sauvages peuvent être surveillées sans capturer, manipuler ou même voir les animaux. Les résultats ont été récemment publiés dans le Journal africain de recherche sur la faune.
Bien que l’étude se soit concentrée sur le grand koudou, son importance s’étend bien au-delà d’une seule espèce. Les chercheurs pensent que cette approche pourrait un jour aider les écologistes à surveiller les animaux insaisissables et menacés qui sont difficiles à compter à l'aide des méthodes conventionnelles, notamment des espèces telles que l'yctérope, les hyènes brunes, les lapins de rivière, les renards à oreilles de chauve-souris et les petits chats sauvages.
« La recherche et l'innovation sont au cœur de la mission de l'UFS. Le travail de Ruan Jacobs et de ses superviseurs illustre comment la génétique de pointe peut relever des défis environnementaux complexes tout en soutenant la conservation de la biodiversité. Un avenir sociétal responsable nécessite une prise de décision fondée sur des preuves. Cette recherche révolutionnaire fournit aux gestionnaires de la conservation des méthodes plus précises, éthiques et durables pour comprendre et protéger les populations sauvages vulnérables », observe le professeur Vasu Reddy, vice-chancelier adjoint : recherche, innovation et études supérieures.
Chaque animal laisse une signature derrière lui
Plutôt que d’essayer de retrouver les animaux eux-mêmes, les chercheurs ont recherché l’ADN qu’ils ont laissé derrière eux.
« Au lieu de trouver l'animal, trouvez son ADN », explique Jacobs. « Les crottes, poils et autres traces laissés sur place contiennent suffisamment d'ADN pour identifier l'espèce, l'individu et même son sexe, le tout sans jamais déranger l'animal. »
Chaque animal porte une « empreinte » génétique unique. En collectant à plusieurs reprises des échantillons de crottes fraîches et en faisant correspondre ces empreintes digitales, les chercheurs ont pu identifier le moment où le même koudou avait effectivement été « rééchantillonné ». Cela leur a permis d’estimer le nombre total d’animaux dans la réserve sans les capturer physiquement, les marquer ou même les voir.
Cette approche offre également bien plus qu’une simple estimation de la population. Le même échantillon de crottes peut révéler le sexe d’un animal et fournir des informations précieuses sur la santé d’une population.
« Une fois que vous disposez des échantillons de matières fécales, vous pouvez également étudier d'autres paramètres que le comptage. Vous pouvez, par exemple, commencer à examiner ce que mangent les animaux et quels parasites ils transportent », explique le professeur Paul Grobler, professeur au département de génétique de l'UFS et directeur de thèse de Jacobs.
Le professeur Reddy est d'accord : » Chaque animal laisse une trace de signature dans l'environnement. Cette recherche montre comment la science peut lire ces signatures pour mieux comprendre, protéger et maintenir la biodiversité pour les générations futures. «
Une première sud-africaine
L'ADN extrait d'échantillons fécaux a déjà été utilisé en Afrique du Sud pour déterminer quelles espèces animales sont présentes dans une zone particulière. Cette étude est la première recherche locale à échantillonner à plusieurs reprises la même population sauvage et à utiliser le propre ADN des animaux pour estimer le nombre d'individus présents.
«Nous avons utilisé un marqueur intégré – l'ADN propre des animaux – pour identifier les animaux individuellement et voir à quelle fréquence ils sont rééchantillonnés», explique le professeur Grobler. « Nous pourrions également déterminer le sexe de chaque animal recensé. »
La recherche a été menée dans la réserve naturelle de Doornkloof, dans le Cap Nord, où les estimations existantes de la population de koudous constituaient une opportunité idéale pour tester si la nouvelle approche basée sur l'ADN produisait des résultats fiables. L'estimation génétique correspondait étroitement au décompte de la population existante de la réserve, démontrant le potentiel de la technique en tant qu'outil de conservation pratique.
Une meilleure information pour une meilleure conservation
Des estimations précises de la population permettent aux gestionnaires de réserves de prendre des décisions éclairées concernant la gestion de l'habitat, la capacité de charge et la conservation à long terme de la faune. Toutefois, pour les espèces insaisissables, obtenir ces estimations constitue souvent l'un des plus grands défis de la conservation.
« Cela permet de compter avec précision les animaux insaisissables, c'est-à-dire les animaux qui vivent dans une végétation dense où les relevés aériens ne fonctionnent pas, ou les animaux qui sont principalement actifs la nuit », explique le professeur Grobler.
La technique réduit également les perturbations de la faune lors des relevés.
« Lorsque l'on travaille avec des animaux, il est important de minimiser les perturbations d'un point de vue éthique. La collecte d'échantillons d'excréments lorsque les animaux sont partis est aussi non invasive que possible. »
Bien que des approches similaires basées sur l'ADN aient déjà été utilisées pour des espèces telles que les cerfs et les wapitis ailleurs dans le monde, Jacobs affirme que ce type de recherche est encore nouveau dans la gestion de la faune africaine et présente un énorme potentiel alors que les pressions en matière de conservation continuent de croître.
D'une espèce à plusieurs
L’étude de validation de principe ne marque que le début.
« L'objectif est de développer une technique qui puisse être utilisée pour aider les gestionnaires de réserves et de la faune à étudier et à gérer leurs populations animales insaisissables, qui sont souvent également des indicateurs clés et/ou des espèces menacées – souvent des espèces sur lesquelles nous savons très peu de choses », explique Jacobs.
L'équipe a déjà réalisé une étude d'échantillonnage plus vaste sur l'ensemble de la réserve et analyse actuellement les résultats. Au-delà du koudou, ils espèrent valider la technique sur d’autres espèces et habitats avant de pouvoir l’appliquer plus largement à la gestion de la faune.
Pour Jacobs, cependant, le projet va bien au-delà de la simple découverte scientifique.
« J'ai apprécié chaque moment passé dans la réserve et je chérirai toujours les relations nouées avec les gestionnaires et le personnel de la réserve », dit-il. « Pour beaucoup d'entre nous, nos recherches sont souvent appelées nos « bébés » et, comme le dit le proverbe, il faut tout un village. Ce n'est pas différent, et leur volonté d'aider et les amitiés nouées au fil du temps resteront toujours avec moi. »
L'étude faisait partie de la recherche doctorale de Jacobs, supervisée par le professeur Paul Grobler, en collaboration avec les co-directeurs Dr Morné du Plessis (maître de conférences, département de génétique, UFS), professeur Brian Reilly (chercheur, département de génétique, UFS) et professeur Frank Zachos (Musée d'histoire naturelle de Vienne et professeur affilié, UFS).
Selon le professeur Reddy, l'étude illustre comment la recherche innovante peut contribuer à un avenir sociétal responsable. « À l'Université de l'État libre, nous faisons progresser un avenir sociétal responsable grâce à des recherches qui comptent. Cette approche pionnière de la conservation basée sur l'ADN démontre comment l'innovation peut aider à protéger la biodiversité tout en minimisant l'impact humain sur la faune. L'avenir de la conservation réside dans des approches innovantes et non invasives qui respectent à la fois la science et la nature. Nous sommes très inspirés par nos étudiants et notre personnel, dont le travail dévoué reflète l'aspiration de l'UFS à façonner un avenir sociétal responsable par la découverte, la collaboration et l'impact. «
Photo: Ruan Jacobs (à droite) avec le superviseur Prof Paul Grobler (deuxième à gauche) et le co-superviseur Dr Morne du Plessis (à gauche) dans la réserve naturelle de Doornkloof où l'étude a été menée.
